Em 2019, Góes foi condenado pelo Superior Tribunal de Justiça (STJ) a seis anos e nove meses de prisão pelo crime de peculato. Na época, ele era governador do Amapá e recorreu em liberdade.
De acordo com a acusação, o suposto crime teria ocorrido entre 2009 e 2010, durante o primeiro mandato de Goés na chefia do Executivo local. Segundo o Ministério Público Federal (MPF), os valores que eram descontados dos servidores deveriam ser repassados aos bancos credores e não poderiam ser usados para financiar a máquina pública.
Após a decisão, a defesa recorreu ao Supremo para suspender a condenação.
Ao julgar o recurso, o ministro Luís Roberto Barroso, relator do caso, entendeu que Góes não tirou proveito próprio dos recursos, que foram usados em outras áreas da administração. Dessa forma, segundo o ministro, o ex-governador não cometeu crime de peculato. O voto foi seguido pelos ministros Alexandre de Moraes e Luiz Fux.
Durante a tramitação do processo, a defesa de Waldez Góes afirmou que não houve desvio de recursos públicos, e outros acusados no processo foram absolvidos das mesmas acusações.
